


Том 89, № 9 (2024)
Статьи
Универсальный адаптерный белок Bag3 и малые белки теплового шока
Аннотация
Белок Bag3 (Bcl-2 associated athanogene) содержит несколько доменов и взаимодействует с большим набором различных белков-партнёров, среди которых есть малые белки теплового шока (small heat shock proteins, sHsp) и белки теплового шока семейства Hsp70. Тройной комплекс Bag3–sHsp–Hsp70 связывает и переносит в фагосомы денатурированные белки и таким образом играет ключевую роль в процессе шаперон-зависимой селективной автофагии (chaperone assisted selective autophagy, CASA). Помимо этого, данный комплекс регулирует сборку стресс-гранул (гранулостаз) и обеспечивает регуляцию цитоскелета. Вследствие того, что Bag3 и белки теплового шока участвуют в различных клеточных процессах, мутации Bag3 и/или sHsp коррелируют с развитием нейродегенеративных заболеваний и кардиомиопатий. В данной работе анализируется роль sHsp в процессах, регулируемых Bag3.



Роль филамина С в мышечных клетках
Аннотация
Филамин С (FLNC) является представителем семейства высокомолекулярных белков, связывающих актиновые филаменты в составе цитоскелета различных типов клеток. В геноме человека FLNC кодируется геном FLNC, который расположен на 7-й хромосоме и экспрессируется преимущественно в скелетных и сердечных мышечных клетках. Филамин С участвует в организации и стабилизации трехмерной сети тонких нитей актина в саркомерах и, как предполагается, выполняет роль механосенсора, передающего механические сигналы к различным белковым мишеням. Под действием механического стресса FLNC может утрачивать правильную структуру, что повышает риск его агрегации. Молекулы FLNC с нарушенной нативной структурой могут утилизироваться путем BAG3-опосредованной шаперон-зависимой селективной аутофагии. Мутации гена FLNC могут сопровождаться изменениями во взаимодействии FLNC с белками-партнерами и приводить к формированию агрегатов, что перегружает системы аутофагии и протеасомной деградации белков, вследствие чего развиваются различные патологические процессы. Молекулярные механизмы FLNC-ассоциированных наследственных заболеваний, называемых филаминопатиями, остаются недостаточно изученными. Данный обзор посвящен анализу структуры и механизмам функционирования филамина С в скелетных и сердечных мышечных клетках в норме и при патологиях, связанных с мутациями гена FLNC. Представленные сведения суммируют результаты, полученные на молекулярном, клеточном и тканевом уровнях, и позволяют наметить перспективные пути дальнейшего изучения патогенетических механизмов филаминопатий.



Разнообразие молекулярных функций РНК-связывающих убиквитинлигаз из белкового семейства MKRN
Аннотация
Белковое семейство Makorin RING finger (MKRN) включает в себя 4 представителя: MKRN1, MKRN2, MKRN3 и MKRN4. Эти белки относятся к классу убиквитинлигаз Е3 и играют ключевую роль в таких биологических процессах, как выживание и дифференцировка клеток, реализация врождённого и адаптивного иммунитета. MKRN1 задействован в подавлении роста опухолей, энергетическом обмене, защите от патогенов и апоптотических процессах. Для MKRN1 был идентифицирован широкий спектр мишеней, включая hTERT, APC, FADD, p21 и различные вирусные белки. MKRN2 регулирует пролиферацию клеток и протекание воспалительных реакций. Среди его мишеней такие белки, как p65, PKM2 и STAT1. MKRN3 выполняет роль одного из основных регуляторов времени наступления полового созревания, влияя на уровень гонадотропин-релизинг гормона в нейронах дугообразного ядра. MKRN4 является наименее изученным членом семейства белков MKRN, однако известно, что он вносит значительный вклад в активацию Т-клеток путём убиквитинилирования серин/треониновой киназы MAP4K3. Белки этого семейства связаны с развитием многочисленных заболеваний, например, системной красной волчанки, центрального преждевременного полового созревания, синдрома Прадера–Вилли, дегенеративного спинального стеноза поясничной этиологии, воспаления и рака. В этом обзоре мы детально обсуждаем функциональную роль всех членов семейства белков MKRN, а также их вклад в развитие заболеваний.



Аномальная температурная зависимость триплет-триплетного переноса энергии в реакционных центрах мутанта I(L177)H Cereibacter sphaeroides
Аннотация
Тушение триплетного состояния первичного донора фотосинтетических реакционных центров за счёт переноса энергии на молекулу каротиноида является эффективным механизмом защиты от заселения химически активного синглетно-возбуждённого кислорода. Этот процесс в реакционных центрах Cereibacter sphaeroides является термоактивированным и прекращается при температурах ниже 40 К. Замещение в этих реакционных центрах аминокислотного остатка изолейцина на гистидин в положении 177 L-субъединицы приводит к резкому уменьшению энергии активации, так что триплеты каротиноида продолжают заселяться даже при температуре 10 К. Энергия активации триплет-триплетного переноса энергии у мутанта оценена в 7,5 см−1 , что более чем в десять раз ниже активационной энергии в исходных реакционных центрах. При этом в определённом диапазоне температур перенос энергии протекает у мутанта медленнее, что связано с увеличением эффективного расстояния триплет-триплетного переноса. Насколько нам известно, данная мутация – это первая модификация реакционных центров, в результате которой произошло значительное понижение энергии активации процесса триплет-триплетного переноса энергии на молекулу каротиноида. Реакционные центры мутанта I(L177)H представляют значительный интерес для дальнейших исследований механизмов тушения триплетных состояний и других фотофизических и фотохимических процессов в реакционных центрах бактериального фотосинтеза.



Влияние содержания в условиях повышенной скученности на социальное поведение крыс и экспрессию генов, связанных с нейровоспалением
Аннотация
Исследовали влияние длительного содержания крыс в условиях повышенной скученности на социальное поведение взрослых самцов крыс линии Вистар. С 30 по 180 постнатальный день (ПНД) крыс содержали либо в стандартных условиях по 5 особей (360 см2 на крысу, группа СТАНД), либо в скученных условиях по 15 особей в клетках (120 см2 на крысу, группа СКУЧ). Начиная с 100 ПНД, изучали поведение крыс в тестах на социальное предпочтение, социальное доминирование в трубе и на агрессивное поведение в тесте «резидент–интрудер». После декапитации крыс на 180 ПНД брали образцы мозга из миндалины, дорзального гиппокампа, вентромедиального гипоталамуса и медиальной префронтальной коры для последующего анализа экспрессии мРНК генов IL-1β, TNF, TGF-β1, IL-6 с помощью метода полимеразной цепной реакции в реальном времени. У крыс группы СКУЧ, по сравнению с группой СТАНД, было меньше время взаимодействия с социальным объектом в тесте на социальное предпочтение, было больше побед при тестировании в трубе, а также больше нападений в тесте «резидент–интрудер». У крыс группы СКУЧ была существенно увеличена экспрессия гена IL-1β в гиппокампе и медиальной префронтальной коре, а также повышена экспрессия гена TGF-β1 в гиппокампе, миндалине и префронтальной коре. Социальный стресс повышенной скученности привел к увеличению социального доминирования, агрессивности и уменьшил социальную мотивацию. Изменения в социальном поведении у крыс группы СКУЧ сопровождались увеличением экспрессии мРНК генов провоспалительного цитокина IL-1β и противовоспалительного цитокина TGF-β1 в ряде структур мозга, что можно рассматривать соответственно, как проявление нейровоспаления и компенсаторных процессов.



Состав белков экзосом сыворотки крови пациентов, перенесших ишемический инсульт, ассоциирован с когнитивными нарушениями в постинсультном периоде
Аннотация
Ишемический инсульт (ИИ) и последующие нервно-психические расстройства являются одними из ведущих причин инвалидности во всем мире. Ранее было предложено несколько стратегий использования экзосом для оценки риска заболеваний, связанных с ИИ. Целью данной работы являлась оценка белков экзосом сыворотки крови пациентов в хроническом постинсультном периоде и поиск их ассоциаций с развитием постинсультных умеренных когнитивных нарушений (УКН). Сравнительный количественный протеомный анализ сывороточных экзосом пациентов без постинсультных УКН (19, средний возраст 52,0 ± 8,1 года) и пациентов с постинсультными УКН (11, средний возраст 64,8 ± 5,6 года) выявил достоверные различия в уровнях 62 белков из 186 идентифицированных. У пациентов с УКН, по сравнению с пациентами без УКН, в хроническом постинсультном периоде наблюдались повышенные уровни белков, ассоциированных с иммунной системой, и пониженные уровни белков, участвующих в липидном обмене. Полученные данные позволяют предположить, что более высокий уровень активации иммунной системы у пациентов в отдаленном периоде после ИИ может быть одним из факторов риска развития постинсультных когнитивных расстройств, и указывают на участие экзосомального транспорта в этих процессах.



Новый подход для исследования ингибиторов поли(ADP-рибоза)-полимеразы, основанный на использовании пермеабилизованных адгезированных клеток
Аннотация
Ингибиторы поли(ADP-рибоза)-полимеразы (PARP) рассматриваются в качестве перспективных фармакологических агентов для лечения целого ряда заболеваний. В последнее время были выявлены разнообразные факторы и механизмы регуляции каталитической активности PARP и показано, что некоторые из них могут существенно влиять на эффективность действия ингибиторов данного фермента. В связи с этим актуальна разработка новых моделей и методов, отражающих клеточный контекст, в котором функционирует PARP. В представленной работе для исследования реакции поли(ADP-рибозил)ирования (PARилирования) предложено использовать необратимо пермеабилизованные дигитонином адгезированные клетки, что позволяет сохранить ядерную локализацию PARP и задавать необходимые концентрации субстрата (NAD+) и тестируемых соединений в клетке. Особенность подхода заключается в том, что перед пермеабилизацией клеточная PARP переводится в связанное с ДНК состояние в условиях, предотвращающих преждевременную инициацию реакции PARилирования. Исследования выполнены на культуре кардиомиобластов крысы Н9с2. Анализ активности PARP в пермеабилизованных клетках проводили путём измерения иммунофлуоресценции образующегося продукта – поли(ADP-рибозы). Метод апробирован при исследовании PARP-ингибиторного действия классического ингибитора 3-аминобензамида, а также ряда новых производных 7-метилгуанина. Обнаружено, что одно из них, 7,8-диметилгуанин, является более сильным ингибитором по сравнению с 7-метилгуанином, что объясняется дополнительным гидрофобным контактом с белком. Предложенный подход открывает новые перспективы для изучения механизмов регуляции активности PARP в клетке и может быть использован для высокопроизводительного скрининга веществ при поиске новых ингибиторов PARP.



Т-клеточный рецептор, кросс-реактивный к SPR-гомологичным эпитопам коронавирусов
Аннотация
Пандемия COVID-19, начавшаяся вследствие быстрого распространения нового коронавируса SARS-CoV-2, способствовала повышению интереса к изучению Т-клеточного иммунного ответа. Было показано, что поликлональный и кросс-реактивный Т-клеточный ответ к сезонным коронавирусам и другим штаммам SARS-CoV-2 снижает тяжесть заболевания. В данной работе был изучен иммунодоминантный Т-клеточный эпитоп SPRWYFYYL из нуклеокапсидного белка вируса SARS-CoV-2, для иммунного ответа на который характерно формирование высокогомологичных (конвергентных) рецепторов, встречающихся в репертуарах Т-клеточных рецепторов (ТКР) разных людей. Этот эпитоп относится к высококонсервативным пептидам, редко мутирующим в новых штаммах SARS-CoV-2 и гомологичным с эпитопами из сезонных коронавирусов. Существует предположение, что именно наличие кросс-реактивного ответа на гомологичные пептиды способствует снижению тяжести заболевания COVID-19, которое, однако, ставится под сомнение другими исследователями, предполагающими, что низкая аффинность кросс-реактивных рецепторов снижает силу иммунного ответа. Целью данного исследования была оценка влияния аминокислотных замен в эпитопе SPR на аффинность связывания со специфичным Т-клеточным рецептором. Для этого было проведено обогащение антигенспецифических клеток рестимуляцией антигенным пептидом из образцов четырех доноров, перенесших COVID-19, и проведено секвенирование репертуаров ТКР. Полученный SPR-специфичный репертуар β-цепей ТКР характеризовался бо́льшим разнообразием последовательностей, чем репертуар α-цепей, однако в репертуарах всех четырех доноров были обнаружены публичные рецепторы, три из которых были клонированы и использованы для получения репортерной линии Jurkat E6-1 TPR. Лишь для одного из трех рецепторов были продемонстрированы способность к активации пептидом SPR и распознавание мутантного гомолога LPRWYFYY из сезонных коронавирусов с той же аффинностью, что и пептида дикого типа. Это свидетельствует о том, что наличие мутации не повлияло на силу иммунного ответа, что может объяснить высокую частоту и положительный вклад кросс-реактивного ответа на эпитоп SPR в протекание инфекции COVID-19.



Изменения транскриптомной активности клеток мозга крыс под влиянием синтетических пептидов на основе адренокортикотропного гормона
Аннотация
Синтетические пептиды обладают широким спектром клинических эффектов. Особый интерес представляют пептиды на основе адренокортикотропного гормона (АКТГ) как в качестве уже используемых, так и потенциальных препаратов для предотвращения последствий широкого круга патологических и стрессовых состояний, включая ишемию головного мозга. Однако требуется изучить их влияние на клетки мозга в нормальных физиологических условиях, в том числе для понимания рисков их применения. В работе мы использовали высокопроизводительное секвенирование РНК (RNA-Seq) для выявления дифференциально экспрессируемых генов (ДЭГ) в лобной коре интактных крыс, получающих внутрибрюшинное введение АКТГ-подобных пептидов АКТГ(4–7)PGP (семакс) и АКТГ(6–9)PGP или физиологический раствор. Через 22,5 ч после первого введения семакса и АКТГ(6–9)PGP мы выявили 258 и 228 ДЭГ соответственно с порогом > 1,5 и Padj < 0,05. Были выявлены метаболические пути, характеризующие как общее, так и специфическое влияние каждого из пептидов на транскриптом. Оба пептида преимущественно вызвали снижение экспрессии генов, связанных с иммунной системой. Одновременно при сравнении эффектов АКТГ(6–9)PGP относительно семакса были выявлены ДЭГ, которые характеризовали основные различия эффектов пептидов. Эти гены, в основном снизившие свою экспрессию, были ассоциированы с системами нейросигнализации и регуляции ионных каналов. Наши данные показывают, как различия в структуре производных АКТГ связаны с изменением транскриптома клеток мозга после воздействия данных родственных пептидов. Результаты свидетельствуют о том, что при изучении влияния регуляторных пептидов на транскриптом при патологии необходимо учитывать их действие в нормальных физиологических условиях.


