Эпидемический сезон 2021–2022 годов. Частота ко-инфекции респираторными вирусными патогенами

Обложка


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. В настоящем исследовании определены особенности циркуляции разных вирусных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2021–2022 годов, а также частота ко-инфекции на фоне SARS-CoV-2 и гриппа.

Цель исследования — оценить развитие эпидемии гриппа и частоту случаев ко-инфекции респираторными патогенами у пациентов с острыми респираторными вирусными инфекциями в сезоне 2021–2022 годов.

Материалы и методы. В статье использованы методы, применяемые в традиционном и госпитальном эпидемиологическом надзоре за острыми респираторными вирусными инфекциями.

Результаты. Эпидемический сезон 2021–2022 годов характеризовался ранней активностью вируcа гриппа A(H3N2), а также появлением и быстрым распространением нового варианта SARS-CoV-2 (“Omicron”). Чётко прослежена зависимость по долевому участию разных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2021–2022 годов: доминирующая роль принадлежала SARS-CoV-2 (18,8%), затем — вирусам гриппа (10,6%) и, наконец, возбудителям других острых респираторных вирусных инфекций (0,4–3,7%). В отношении вирусов гриппа A(H3N2) и В отмечена гетерогенность их популяции и дрейф-изменчивость по отношению к вакцинным вирусам.

Обсуждение. Частота ко-инфекции разными острыми респираторными вирусными инфекциями была низкой: по данным традиционного надзора — не более 0,1%, госпитального надзора — не более 9,2%. Дано обоснование актуализации состава гриппозных вакцин для стран Северного полушария в сезоне 2022–2023 годов.

Заключение. На сегодняшний день большое значение приобретает ранняя диагностика гриппозной инфекции, так как в отношении этого возбудителя существуют эффективные препараты с прямым механизмом действия для профилактики и лечения. Своевременное применение противогриппозных препаратов снизит риски тяжёлого течения, развития осложнений и летального исхода, в том числе при ко-инфекции с SARS-CoV-2.

Полный текст

ОБОСНОВАНИЕ

Более 300 патогенов, относящихся к разным семействам, родам и группам, способны вызывать острую респираторную вирусную инфекцию (ОРВИ), к которой восприимчивы без исключения все возрастные группы [1]. Такие инфекции объединяют относительно схожие механизмы передачи (в основном воздушно-капельный), тропизм к клеткам верхних отделов респираторного тракта (реже — нижних отделов) и клинические проявления заболевания.

В рамках проводимого в нашей стране мониторинга циркуляции возбудителей ОРВИ (традиционного, дозорного и госпитального) особое внимание уделяется тем патогенам, в отношении которых разработаны коммерческие тест-системы на основе ОТ-ПЦР, среди них — грипп А и В (INFА и INFB), парагрипп (HPIV), аденовирусы (HAdV), респираторно-синцитиальный вирус (HRSV), риновирусы (HEV-D), бокавирус (HBoV), метапневмовирус (HMPV), α-коронавируcы (HCoV) и новый коронавирус (SARS-CoV-2).

Анализ структуры циркулирующих возбудителей ОРВИ на фоне появления в 2019 году, роста активности и быстрой эволюционной изменчивости нового коронавируса SARS-CoV-2 выявил снижение долевого участия большинства респираторных патогенов, в том числе вирусов гриппа, в эпидемическом процессе по сравнению с предыдущими сезонами, что было отмечено ранее как отечественными исследователями, так и зарубежными коллегами [2–6].

Эпидемический сезон 2021–2022 годов отличался от такового в 2020–2021 годах возвратом в циркуляцию вирусов гриппа A(H3N2) и В и практически полным отсутствием активности вируса гриппа A(H1N1)pdm09 на фоне продолжающейся изменчивости нового коронавируса SARS-CoV-2, представленного в этот период вариантами Delta (осень–начало зимы 2021 года) и Omicron (2022 год).

Цель исследования — оценить развитие эпидемии гриппа и частоту случаев ко-инфекции респираторными патогенами у пациентов с ОРВИ в сезоне 2021–2022 годов.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В рамках осуществления эпидемиологического надзора за циркуляцией вирусов гриппа и ОРВИ в Российской Федерации Центр экологии и эпидемиологии гриппа (ЦЭЭГ) Института вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России в сотрудничестве с 10 опорными базами, представленными территориальными управлениями и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора в Европейской части России (г. Великий Новгород, Липецк, Владимир, Ярославль, Пенза, Чебоксары), на Урале (г. Оренбург), в Сибири (г. Томск) и на Дальнем Востоке (г. Биробиджан и Владивосток), провёл анализ показателей заболеваемости, госпитализации, этиологически связанных с возбудителями ОРВИ, в различных возрастных группах населения, а также результатов лабораторной диагностики. Период наблюдения — с 40-й недели (октябрь) 2020 года по 39-ю неделю (сентябрь) 2021 года.

Анализ заболеваемости гриппом и ОРВИ в разных возрастных группах, изоляция вирусов гриппа, постановка ОТ-ПЦР, РТГА, оценка чувствительности к противогриппозным препаратам, а также статистическая обработка полученных результатов описаны ранее [1, 2]. В рамках традиционного надзора объём исследований с помощью лабораторных методов составил: на вирусы гриппа — 20 001 образец, ОРВИ — 16 480 образцов и SARS-CoV-2 — 28 497 образцов. В рамках дозорного надзора в исследование был включён и обследован 1121 пациент, госпитализированные в медицинские учреждения г. Москвы.

Полногеномная амплификация вирусов гриппа А и B была проведена по ранее описанной методике [7, 8]. Библиотека кДНК была приготовлена с использованием набора SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, Великобритания) с последующим секвенированием на приборе MinION (Oxford Nanopore, Великобритания). Биоинформационная обработка данных проведена с использованием пакетов программного обеспечения guppy v. 6.3.8, porechop v. 0.2.4, nanofilt v. 2.3.0, minimap2 v. 2.24, medaka v. 1.7.2 и bcftools v. 1.13.

РЕЗУЛЬТАТЫ

В октябре 2021 года (40-я неделя)–сентябре 2022 года (39-я неделя) на сотрудничающих с ЦЭЭГ территориях превышения эпидемического порога заболеваемости ОРВИ по отношению к среднему показателю по Российской Федерации (72,6 на 10 000 населения) регистрировали в периоды 40–44-й недель 2021 года (за счёт активности респираторных патогенов негриппозной этиологии), 47–51-й недель 2021 года [за счёт роста активности вируса гриппа А(H3N2)], 3–9-й недель 2022 года (за счёт активности SARS-CoV-2) и 36–39-й недель 2022 года (за счёт активности SARS-CoV-2 и некоторых ОРВИ). Максимальную заболеваемость по совокупному населению (среднее значение по данным 10 городов Российской Федерации) регистрировали на 5-й неделе 2022 года (207,9 на 10 000), в период которой частота положительных проб на SARS-CoV-2 составила 43,3%, ОРВИ — 8,4% (ПЦР) и гриппа — 4,5%.

Частота положительных образцов по результатам ПЦР в анализируемый период составила: SARS-CoV-2 — 18,8% (из 28 497 обследованных), грипп — 10,6% (из 20 001 обследованных) и ОРВИ — 12,8% (из 16 480 обследованных). При этом их активность различалась в разные недели эпидемического сезона и в разных городах Российской Федерации (табл. 1).

 

Таблица 1. Результаты ПЦР-диагностики гриппа, SARS-CoV-2 и некоторых ОРВИ в период октября 2021–июня 2022 года в ЦЭЭГ НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи и на сотрудничающих с ним территориях Российской Федерации

Table 1. Results of PCR diagnostics of influenza, SARS-CoV-2 and some ARVI in the period of October 2021–June 2022 at the N.F. Gamaleya Central Research Institute and in the territories of the Russian Federation cooperating with it

Центры гигиены и эпидемиологии городов, областей, республик

Число образцов, изученных на наличие респираторных патогенов методом ОТ-ПЦР

Грипп

ОРВИ, сезонные

SARS-CoV-2

Число образцов

%

«+»

Число образцов

HPIV, % «+»

HAdV, % «+»

HRsV, % «+»

HEV-D, % «+»

HCoV, % «+»

HBoV, % «+»

HMPV, ٪

«+»

Число образцов

%

«+»

ЦЭЭГ, Москва

3060

7,3

544

2,9

2,2

6,3

12,0

4,4

0,7

0,4

3101

27,5

Вел. Новгород

1042

11,0

531

1,1

Липецк

2842

0,5

2842

1,4

0,6

0,6

0,5

0,04

1,0

0,07

597

0,2

Владимир

678

29,0

538

5,8

3,0

4,8

4,6

1,5

2,0

 

96

3,1

Ярославль

1683

15,3

1327

3,2

1,3

3,5

12,1

2,5

0,8

0,2

2558

18,5

Пенза

785

5,2

914

0,8

2,6

2,5

3,9

3,2

1,3

1,0

740

8,2

Чебоксары

1130

5,6

1129

0,4

17 409

21,0

Оренбург

4779

12,8

4779

0,1

0,2

1,9

1,6

0,4

0,1

0,1

51

Томск

971

15,0

972

2,1

1,3

6,7

6,9

3,4

0,6

0,1

840

10,8

Владивосток

2239

16,7

2239

1,5

0,2

1,8

39,3

6,5

0,1

11,2

2071

6,2

Биробиджан

792

9,3

665

6,2

4,4

4,7

11,9

4,8

2,1

2,3

1034

15,2

Всего

20 001

10,6

16 480

1,8

0,8

2,3

3,7

1,3

0,6

0,4

28 497

18,8

Процент из числа положительных

2114

100

1793

16,9

7,7

21,2

34,1

11,5

5,2

3,3

5363

100

 

Динамика частоты выявления положительных образцов на вирусы гриппа А и В, SARS-CoV-2 и ОРВИ (в том числе HPIV, HAdV, HRsV, HEV-D, HBoV, HMPV, HCoV) методом ОТ-ПЦР в период октября 2021–сентября 2022 года представлена на рис. 1.

 

Рис. 1. Частота выявления положительных проб на грипп, SARS-CoV-2 и ОРВИ в период эпидемического сезона 2021–2022 годов на отдельных территориях Российской Федерации.

 

Эпидемический сезон 2021–2022 годов стартовал с относительно высоких показателей частоты положительных проб на SARS-CoV-2 (42-я неделя 2021 года — 36,2%) с последующим снижением к началу 2022 года. Результаты секвенирования 10 образцов, взятых от пациентов в этот период (октябрь 2021 года), определили их принадлежность к варианту «Delta» (B.1.617.2; AY.25, AY.43, AY.122) согласно классификации Pango. Данные были заложены в GenBank: EPI_ISL_13431664, EPI_ISL_13431665, EPI_ISL_13431666, EPI_ISL_13431667, EPI_ISL_13417560, EPI_ISL_6831907, EPI_ISL_6831908, EPI_ISL_7591259, EPI_ISL_6831909, EPI_ISL_7591260.

Вторая, более высокая, волна его активности была отмечена в период 5–7-й недель 2022 года с максимальной частотой выявления числа положительных проб (до 50,7%). Результаты секвенирования 30 образцов, взятых от пациентов в январе–апреле 2022 года, определили их принадлежность к варианту «Omicron» (B.1.1.529) согласно классификации Pango. Его появление было отмечено в ноябре 2021 года одновременно в нескольких странах мира с последующим широким распространением в нашей стране в январе–марте 2022 года. Данные были заложены в GenBank: EPI_ISL_13431668, EPI_ISL_13431669, EPI_ISL_13431670, EPI_ISL_13431671, EPI_ISL_13431672, EPI_ISL_13431673, EPI_ISL_13431674, EPI_ISL_13431675, EPI_ISL_13431676, EPI_ISL_13431677, EPI_ISL_13431678, EPI_ISL_13431679, EPI_ISL_13431680, EPI_ISL_13431681, EPI_ISL_13431682, EPI_ISL_13431683, EPI_ISL_13431684, EPI_ISL_13431685, EPI_ISL_13431686, EPI_ISL_13431687, EPI_ISL_13417561, EPI_ISL_13417562, EPI_ISL_13417563, EPI_ISL_13417564, EPI_ISL_13417565, EPI_ISL_13417566, EPI_ISL_13417567, EPI_ISL_13417568, EPI_ISL_13417569, EPI_ISL_13417570. Необходимо отметить гетерогенность популяции «Omicron», представленной в этот период вариантами BA.1/BA.1.1/BA.1.14/BA.1.15/BA.1.17.2 (последний взят в феврале 2022 года) и BA.2 (последний образец — в апреле 2022 года).

С началом нового учебного года (сентябрь 2022 года) отмечена третья волна роста числа положительных проб на SARS-CoV-2 в отдельных городах (Москва, Чебоксары, Пенза, Томск, Биробиджан и Владивосток), а также роста активности некоторых возбудителей негриппозной этиологии.

Одной из отличительных особенностей сезона 2021–2022 годов стала ранняя активность вирусов гриппа. Первые случаи гриппа A(H3N2) детектировали в период 40–43-й недель 2021 года в г. Москве, Великом Новгороде, Владимире и Ярославле с пиковыми показателями в период 51–52-й недель 2021 года и последующим снижением до спорадических случаев в середине февраля 2022 года, последние из которых (грипп В) были детектированы в период 23–24-й недель 2022 года в г. Владимире, Липецке и Оренбурге. Интересен факт поочередной активности вирусов гриппа: в начале сезона регистрировали абсолютное доминирование вируса гриппа A(H3N2) с долевым участием в структуре ОРВИ до 37,9% (52-я неделя 2021 года), на смену которому в феврале–марте 2022 года пришёл вирус гриппа В, при этом его активность была спорадической (менее 3,7%).

Результаты антигенной характеристики 186 штаммов определили родство 159 из них к вирусу гриппа A(H3N2) и 27 — к вирусу гриппа В. При этом большинство популяции не соответствовало свойствам вирусов, рекомендованных в состав гриппозных вакцин для стран Северного полушария в сезоне 2021–2022 годов (табл. 2).

 

Таблица 2. Антигенные свойства эпидемических штаммов вирусов гриппа А и В, выделенных в эпидемическом сезоне 2021–2022 годов

Table 2. Antigenic properties of epidemic strains of influenza A and B viruses isolated in the epidemic season of 2021–2022

Тип/подтип вируса гриппа

Штаммы вирусов гриппа,

вошедшие в состав гриппозных вакцин в сезоне 2021–2022 годов

(отношение к гомологичному титру)

Число штаммов, изученных с референс-сывороткой

Число штаммов, близкородственных эталонной сыворотке (%)

Общее число изученных штаммов

А(H1N1)pdm09

А/Виктория/2570/19

0

0

0

А(H3N2)

А/Камбоджа/e0826360/2020 (1–1/2:1/4), вакцинный

131

28 (21,0)

39 (30,0)

159

А/Камбоджа/e0826360/2020 (<1/4)

64/131 (49,0)

А/Дарвин/9/2021 (1–1/2:1/4)

95

62/95 (65,0)

27/95 (28,0)

А/Дарвин/9/2021 (<1/4)

6/95 (7,0)

В

В/Вашингтон/02/19(∆3), вакцинный (1–1/2)

27

1/27

27

Дрейф-вариант (В/Австрия/1359417/21)

26/27

Линия В/Ямагата-подобных

B/Пхукет/3073/13

0

0

0

 

Штаммы A(H3N2) были выделены в октябре 2021–январе 2022 года в г. Москве, Великом Новгороде, Владимире, Чебоксарах, Ярославле, Угличе, Владивостоке, Оренбурге, Биробиджане. Только 28 (21%) штаммов вируса гриппа A(H3N2) из 131 изученного взаимодействовали с сывороткой к вакцинному вирусу А/Камбоджа/е0826360/20 от 1/2 до полного гомологичного титра; 39 (30%) изолятов взаимодействовали до 1/4 гомологичного титра и 64 (49%) — до 1/8 и ниже гомологичного титра. В тоже время 95 изолятов были изучены также с сывороткой к новому эталону, вакцинному штамму, рекомендованному в сезоне 2022–2023 годов — А/Дарвин/9/2021 (H3N2); результаты показали, что 65% взаимодействовали с сывороткой к этому вирусу от 1/2 до полного гомологичного титра; 28% изолятов взаимодействовали до 1/4 гомологичного титра и 7% — до 1/8 и ниже гомологичного титра. Выделенные в декабре 2021–мае 2022 года (ЦЭЭГ, г. Москва, Липецк) 26 штаммов вируса гриппа типа В были родственны эталону В/Австрия/1359417/21 (линия В/Виктория-подобных) и взаимодействовали с сывороткой к этому вирусу до полного гомологичного титра; 1 штамм вируса гриппа В, выделенный в марте 2022 года, был родственен эталону В/Вашингтон/02/2019 (вакцинный, линия В/Виктория-подобных) и взаимодействовал с сывороткой к этому вирусу до полного гомологичного титра.

Эпидемические штаммы вируса гриппа A(H3N2), в отношении которых было проведено частичное или полногеномное секвенирование (71), были выделены в г. Москве (26), Ярославле (11), Владимире (6), Оренбурге (4), Владивостоке (15), Великом Новгороде (7), Чебоксарах (1) и Биробиджане (11). Все они были отнесены к клайду 3С.2a1b.2a.2, представленному А/Дарвин/9/2021 (антигенный вариант с дополнительными мутациями T131K-A+D186N, D255G по сравнению с вакцинным вирусом А/Камбоджа/е0826360/2020). Семь штаммов вируса гриппа В, выделенные из материалов госпитализированных пациентов в медицинские учреждения г. Москвы, были отнесены к генетической линии В/Виктория-подобных, клайду V1A.3.2, представленному В/Австрия/1359417/2021 (антигенный вариант с дополнительными мутациями P42Q, V71A, K343E, A395V, V401R по сравнению с вакцинным вирусом В/Вашингтон/02/2019).

Изучена чувствительность 100 эпидемических штаммов вирусов гриппа, в том числе 90 штаммов A(H3N2) и 10 штаммов вируса гриппа В к препаратам с антинейраминидазной активностью. Штаммы были выделены в разных регионах Российской Федерации и у всех них обнаружена нормальная чувствительность к озельтамивиру и занамивиру. Для штаммов вируса гриппа A(H3N2) среднее значение IC50 к осельтамивиру составило 0,45 nM, к занамивиру — 1,0 nM; для штаммов вируса гриппа В — 38,19 nM и 4,00 nM соответственно.

Прослежена динамика в отношении других ОРВИ: на фоне сменяющих друг друга вирусов SARS-CoV-2 и гриппа активность других респираторных вирусов была относительно низкой; в то же время при снижении активности вирусов гриппа и SARS-CoV-2 отмечен некоторый рост регистрируемых случаев других ОРВИ (до 22,8%), их доминирование с 12-й по 32-ю недели и в 38–39-ю недели 2022 года. Частота выявления положительных проб из числа тестированных методом ПЦР составила: HPIV — 1,8%; HAdV — 0,8%; HRsV — 2,3%; HEV-D — 3,7%; HBoV — 0,6%; HMPV — 0,4%; HCoV — 1,3%.

Частоту ко-инфекции разными возбудителями ОРВИ оценивали по данным, полученным в результате проведения традиционного и госпитального надзора.

Данные традиционного надзора показали крайне низкое число ко-инфекции разными возбудителями ОРВИ (численность обследованных проб указана в табл. 1): на фоне гриппозной инфекции — 2 случая из 2114 положительных (0,01%; HEV-D и HCoV), на фоне SARS-CoV-2 инфекции — 2 случая из 5363 положительных (менее 0,1%; HRsV, HAdV), грипп А(H3N2) и SARS-CoV-2 — 1 случай, на фоне ОРВИ — 9 случаев из 1793 положительных (0,5%).

Частота ко-инфекции в рамках проведённого госпитального надзора среди 1121 пациентов была значительно выше и составила: 13 случаев ОРВИ на фоне 218 случаев гриппа (6,0%), грипп и SARS-CoV-2 — 3 случая из 218 положительных на грипп (1,4%); 49 случаев ОРВИ на фоне 489 случаев SARS-CoV-2 инфекции (9,2%). Структура возбудителей ОРВИ при ко-инфекции представлена на рис. 2.

 

Рис. 2. Частота ко-инфекции респираторными патогенами на фоне гриппа и SARS-CoV-2 у госпитализированных пациентов в эпидемическом сезоне 2021–2022 годов.

 

ОБСУЖДЕНИЕ

Эпидемический сезон 2021–2022 годов имел свои особенности: на фоне продолжавшейся циркуляции нового коронавируса SARS-CoV-2 вновь регистрировали активность вирусов гриппа. Причём, в отличие от России, в большинстве стран мира начало сезона было связано с вирусом гриппа В, а с декабря 2021 года — с вирусом гриппа A(H3N2), который в следующем периоде стал доминирующим. Кроме того, крайне высокая активность «Omicron», нового варианта SARS-CoV-2, в начале 2022 года повлияла на «традиционные сроки» (январь–февраль) развития эпидемии гриппа в некоторых странах Северного полушария, которые были сдвинуты на март–апрель 2022 года [9]. Чётко прослежена зависимость по долевому участию разных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2021–2022 годов: доминирующая роль принадлежала SARS-CoV-2 (18,8%), затем — вирусам гриппа (10,6%) и, наконец, возбудителям других ОРВИ (12,8%).

Как и в других странах, популяция SARS-CoV-2 была гетерогенной и в период эпидемического сезона была представлена линиями «Delta» и «Omicron» по классификации Pango. Прослежено появление новых вариантов последнего из указанных выше, свидетельствующих о его продолжающейся эволюционной изменчивости (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 и BA.5), и новых панголиний, имеющих происхождение от BA.2 (BA.2.121 — Соединённые штаты Америки, декабрь 2021 года; BA.2.9.1 — несколько стран, февраль 2022 года; BA.2.11 — несколько стран, март 2022 года; BA.2.13 — несколько стран, февраль 2022 года; BA.2.75 — Индия, май 2022 года).

Данные по антигенным и молекулярно-генетическим свойствам, определяющим соответствие эпидемических штаммов свойствам вакцинных вирусов гриппа, полученные в рамках настоящего исследования и другими исследователями, выявили различия и несоответствия между ними, что стало причиной замены двух вакцинных вирусов в составе вакцин на 2022–2023 годы для стран Северного полушария на более актуальные — A(H3N2) — А/Камбоджа/е826360/2020 на A/Дарвин/9/2021 и В/Вашингтон/02/2019 на B/Австрия/1359417/2021 (линия В/Виктория-подобных) [10].

Структура и долевое участие других возбудителей ОРВИ по сравнению с предыдущим сезоном несколько изменились: выявлена тенденция к росту активности HPIV, HRsV, HBoV и HMPV; практически равнозначная активность HEV-D и HCoV и снижение активности HAdV [2–6].

На сегодняшний день до конца не изучен ряд вопросов в отношении ко-инфекции разными возбудителями ОРВИ. В частности, несмотря на наличие в практическом применении мультиплексных ПЦР-систем, их использование может быть ограничено по ряду причин, среди которых экономические, технические и человеческие ресурсы. Нет единого мнения и о связи ко-инфекции с тяжестью заболевания [11, 12].

Результаты настоящего исследования показали, что в рамках проводимого традиционного надзора частота ко-инфекции была низкой. Это может быть связано в первую очередь с объёмами проводимых исследований, но вероятнее всего — с учётом в рамках этого надзора менее тяжёлых форм инфекции. Более высокие показатели были получены при анализе частоты ко-инфекции в рамках госпитального надзора (данные по г. Москве), при этом наиболее часто её выявляли у пациентов с SARS-CoV-2 (9,2%). Среди лидеров ко-инфекции — HEV-D, HRsV, HPIV и HCoV.

В более ранних работах болгарских исследователей в период до 2020 года сообщалось о частоте ко-инфекции респираторными вирусными патогенами на уровне 10,2% [13]. Этой тематике посвящены и исследования многих авторов в период развития пандемии COVID-19, которые считают эту проблему неоднозначной по ряду характеристик: чувствительности применяемых тестов в разных странах мира, наблюдаемым контингентам (дети, взрослые, пожилые), климатическим особенностям, времени и критериям забора исследуемых образцов, а также их качества. В исследовании, проведённом американскими учёными в Калифорнии в марте 2020 года, т.е. в начале развития пандемии COVID-19, частота ко-инфекции респираторными патогенами составила 20,7% среди инфицированных SARS-CoV-2 (среди неинфицированных — 26,8%), причём «лидерами» выступили HEV-D (12,1%), HMpV (4,3%), HCoV (3,5%), HRsV (2,9%) и грипп А (2,6%) [14]. При этом авторы предполагают, что отрицательный результат лабораторного подтверждения SARS-CoV-2 у пациентов с ко-инфекцией или только с другими вирусными патогенами, не может абсолютно свидетельствовать о его отсутствии. Ряд авторов высказывают в качестве гипотезы мнение относительно низкой частоты ко-инфекции, в частности конкуренции SARS-CoV-2 с другими вирусными патогенами [15]. В рамках проводимого дозорного надзора в Соединённых штатах Америки в 2020 году было выявлено 1,7% случаев ко-инфекции среди 1373 инфицированных SARS-CoV-2 [16]. Метаанализ 140 работ, проведённых в период с 1 декабря 2019 года до 31 марта 2021 года, выявил среднюю частоту ко-инфекции, которая составила 6,6% (95% CI: 5,5–7,6) [17].

Необходимо также обратить внимание, что результаты настоящей работы подтверждают данные других исследователей по выявлению низкой частоты ко-инфекции вирусами гриппа и SARS-CoV-2 (0,6–1,4%). Метаанализ 11 исследований, проведённых в первую волну пандемии, выявил только 0,8% случаев ко-инфекции гриппа и SARS-CoV-2 [18]. В исследованиях индийских учёных, проведённых в период 4 июля 2021–31 января 2022 года, по результатам тестирования 13 467 образцов было выявлено только два образца, положительных на грипп и SARS-CoV-2 [19]. Необходимо добавить, что в этот период практически во всём мире регистрировали крайне низкую активность вирусов гриппа. Ряд исследователей в объяснении этих особенностей предполагают, что одной из причин может быть более высокая патогенность SARS-CoV-2, выражаемая более тяжёлыми воспалительными процессами респираторного тракта, чем при гриппозной инфекции [20, 21].

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В заключение необходимо отметить, что на сегодняшний день важное значение приобретает ранняя диагностика гриппозной инфекции, так как в отношении этого возбудителя существуют эффективные препараты с прямым механизмом действия для профилактики и лечения. Своевременное применение противогриппозных препаратов, безусловно, снизит риски тяжёлого течения, развития осложнений и летального исхода, в том числе при ко-инфекции с SARS-CoV-2 и другими вирусными патогенами.

ДОПОЛНИТЕЛЬНО

Источник финансирования. Авторы заявляют об отсутствии внешнего финансирования при проведении исследования.

Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.

Вклад авторов. Все авторы подтверждают соответствие своего авторства международным критериям ICMJE (все авторы внесли существенный вклад в разработку концепции, проведение исследования и подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию перед публикацией).

ADDITIONAL INFORMATION

Funding source. This study was not supported by any external sources of funding.

Competing interests. The authors declare that they have no competing interests.

Authors’ contribution. All authors made a substantialcontribution to the conception of the work, acquisition, analysis,interpretation of data for the work, final approval of the versionto be published and agree to be accountable for all aspects of the work.

×

Об авторах

Елена Ивановна Бурцева

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Автор, ответственный за переписку.
Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2518-6801
SPIN-код: 2707-1446

д.м.н.

Россия, Москва

Анна Дмитриевна Панова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-9322-6273
Россия, Москва

Людмила Васильевна Колобухина

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343
Россия, Москва

Анна Викторовна Игнатьева

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6206-2299
Россия, Москва

Елена Сергеевна Кириллова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7977-7530
Россия, Москва

Наталья Владимировна Бреслав

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-6946-5119
Россия, Москва

Светлана Викторовна Трушакова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-9610-3041
Россия, Москва

Евгения Андреевна Мукашева

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-5688-5309
Россия, Москва

Елена Леонидовна Феодоритова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1472-1357
Россия, Москва

Кирилл Геннадьевич Краснослободцев

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1745-9128
Россия, Москва

Лилия Николаевна Меркулова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7260-0879
Россия, Москва

Ирина Николаевна Хлопова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7419-590X
Россия, Москва

Лидия Борисовна Кистенева

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7336-409X
Россия, Москва

Ирина Сергеевна Кружкова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1983-481X
Россия, Москва

Юлия С. Левочкина

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи; Инфекционная клиническая больница № 2

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7750-2311
Россия, Москва; Москва

Анастасия Сергеевна Крепкая

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7272-4011
Россия, Москва

Александра Геннадьевна Росаткевич

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-0008-8711
Россия, Москва

Андрей Борисович Комиссаров

Научно-исследовательский институт гриппа имени А.А. Смородинцева

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1733-1255
Россия, Санкт-Петербург

Светлана Борисовна Яцышина

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4737-941X
Россия, Москва

Андрей Андреевич Почтовый

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1107-9351
Россия, Москва

Дарья Дмитриевна Кустова

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8382-275X
Россия, Москва

Владимир Алексеевич Гущин

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-9397-3762
Россия, Москва

Марина Викторовна Базарова

Инфекционная клиническая больница № 1

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7322-7896
Россия, Москва

Светлана Васильевна Сметанина

Инфекционная клиническая больница № 1

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-3763-697X
Россия, Москва

Наталья Александровна Цветкова

Инфекционная клиническая больница № 2

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-3323-3401
Россия, Москва

Список литературы

  1. Львов Д.К., Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., и др. Особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. в отдельных регионах России // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65, № 6. С. 335–349. doi: 10.36233/0507-4088-2020-65-6-4
  2. Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Воронина О.Л., и др. Особенности циркуляции возбудителей ОРВИ на фоне появления и широкого распространения SARS-CoV-2 в 2018–2021 годы // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2022. Т. 21, № 4. С. 16–26. doi: 10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26
  3. Соминина А.А., Даниленко Д.М., Столяров К.А., и др. Интерференция SARS-CoV-2 с другими возбудителями респираторных вирусных инфекций в период пандемии // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2021. Т. 20, № 4. С. 28–39. doi: 10.31631/2073-3046-2021-20-4-28-39
  4. Яцышина С.Б., Мамошина М.В., Елькина М.А., и др. Распространённость возбудителей ОРВИ, гриппа и COVID-19 у лиц с без симптомов респираторной инфекции // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65. С. 267–276. doi:
  5. Huang X.B., Yuan L., Ye C.X., et al. Epidemiological characteristics of respiratory viruses in patients with acute respiratory infections during 2009-2018 in southern China // Int J Infect Dis. 2020. Vol. 98. P. 21–32. doi: 10.1016/j.ijid.2020.06.051
  6. Sanz I., Perez D., Dominguez-Gill M., Lejarazude R.O., Eiros J.M. Coinfection of Influenza and other respiratory viruses are associated to children // An Pediatr (Engl Ed). 2022. Vol. 96, N 4. P. 334–341. doi: 10.1016/j.anpede.2021.03.002
  7. Zhou B., Lin X., Wang W., et al. Universal influenza B virus genomic amplification facilitates sequencing, diagnostics, and reverse genetics // J Clin Microbiol. 2014. Vol. 52, N 5. P. 1330-7. doi: 10.1128/JCM.03265-13
  8. Zhou B., Donnelly M.E., Scholes D.T., et al. Single-reaction genomic amplification accelerates sequencing and vaccine production for classical and Swine origin human influenza a viruses // J Virol. 2009. Vol. 83, N 19. P. 10309-10313. doi: 10.1128/JVI.01109-09
  9. Развитие эпидемии гриппа в Европейском регионе в 2021–2022 гг. [интернет] [дата обращения: 20.04.2023]. Доступ по ссылке: https://www.who.int/teams/global-influenza-programme/surveillance-and-monitoring/influenza-surveillance-outputs.
  10. Рекомендации по составу гриппозных вакцин для стран Северного полушария на сезон 2022–2023 г. Доступно на: https://www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2022-23_north/en/.
  11. Martínez-Roig A., Salvadó M., Caballero-Rabasco M.A., et al. Viral coinfection in childhood respiratory tract infections // Arch Bronconeumol. 2015. Vol. 51, N 1. P. 5–9. doi: 10.1016/j.arbres.2014.01.018
  12. Meligy B., Sayed A., Ismail D.K., et al. Detection of viral acute lower respiratory tract infection in hospitalized infants using real-time PCR // Gaz Egypt Paediatr Assoc. 2016. Vol. 64, N 1. P. 13–19. doi: 10.1016/j.epag.2015.11.005
  13. Korsun N.S., Angelova S.G., Trifonova I.T., et al. The Prevalence and Genetic Characterization of Human Metapneumovirus in Bulgaria, 2016–2019 // Intervirology. 2021. Vol. 64, N 4. P. 194–202. doi: 10.1159/000516821
  14. Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah N.H., Brown I. Rates of Co-infection Between SARS-CoV-2 and Other Respiratory Pathogens // JAMA. 2020. Vol. 323, N 20. P. 2085–2086. doi: 10.1001/jama.2020.6266
  15. Nowak M.D., Sordillo E.M., Gitman M.R., Paniz Mondolfi A.E. Coinfection in SARS-CoV-2 infected patients: Where are influenza virus and rhinovirus/enterovirus? // J Med Virol. 2020. Vol. 92, N. 10. P. 1699–1700. doi: 10.1002/jmv.25953
  16. Cooksey G.L.S., Morales C., Linde Let al. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 and Respiratory Virus Sentinel Surveillance, California, USA, May 10, 2020–June 12, 2021 // Emerg Infect Dis. 2022. Vol. 28, N 1. P. 9–19. doi: 10.3201/eid2801.211682
  17. Alhumaid S., Al Mutair A., Al Alawi Z., et al. Coinfections with Bacteria, Fungi, and Respiratory Viruses in Patients with SARS-CoV-2: A Systematic Review and Meta-Analysis // Pathogens. 2021. Vol. 10, N 7. P. 809. doi: 10.3390/pathogens10070809
  18. Dadashi M., Khaleghnejad S., Abedi Elkhichi P., et al. COVID-19 and Influenza Co-infection: A Systematic Review and Meta-Analysis // Front Med (Lausanne). 2021/ Vol. 8. P. 681469. doi: 10.3389/fmed.2021.681469
  19. Aggarwal N., Potdar V., Vijay N., et al. SARS-CoV-2 and Influenza Virus Co-Infection Cases Identified through ILI/SARI Sentinel Surveillance: A Pan-India Report // Viruses. 2022. Vol. 14, N 3. P. 627. doi: 10.3390/v14030627
  20. Kinoshita T., Watanabe K., Sakurai Y., et al. Co-infection of SARS-CoV-2 and influenza virus causes more severe and prolonged pneumonia in hamsters // Sci Rep. 2021. Vol. 11, N 1. P. 21259. doi: 10.1038/s41598-021-00809-2
  21. Zhang A.J, Lee A.C., Chan J.F., et al. Coinfection by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 and Influenza A(H1N1)pdm09 Virus Enhances the Severity of Pneumonia in Golden Syrian Hamsters // Clin Infect Dis. 2021. Vol. 72, N 12. P. e978-e992. doi: 10.1093/cid/ciaa1747

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Частота выявления положительных проб на грипп, SARS-CoV-2 и ОРВИ в период эпидемического сезона 2021–2022 годов на отдельных территориях Российской Федерации.

Скачать (542KB)
3. Рис. 2. Частота ко-инфекции респираторными патогенами на фоне гриппа и SARS-CoV-2 у госпитализированных пациентов в эпидемическом сезоне 2021–2022 годов.

Скачать (410KB)

© Эко-Вектор, 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ЭЛ № ФС 77 - 80652 от 15.03.2021
. Учредитель ООО "Эко-Вектор Ай-Пи" (ОГРН 1157847215338).