EPIDEMIC SEASON 2021-2022. FREQUENCY OF CO-INFECTION BY RESPIRATORY VIRAL PATHOGENS

Abstract

Introduction. The main purpose of this work was to determine the characteristics of the circulation of various viral respiratory pathogens during the epidemic season 2021-2022, as well as the frequency of co-infection against the background of SARS-CoV-2 and influenza.

Materials and methods. The article uses methods of "traditional" and "hospital" epidemiological surveillance for acute respiratory viral infections.

Results and discussion. The epidemic season of 2021-2022 was characterized by the early activity of the influenza A(H3N2) virus, as well as the appearance and rapid spread of a new variant of SARS-CoV-2 (omicron). The dependence on the share of different respiratory pathogens during the epidemic season 2021-2022 was clearly traced: the dominant role belonged to SARS-CoV-2 (18.8%), then to influenza viruses (10.6%) and, finally, to pathogens of other acute respiratory viral infections (0.4%-3.7%). With respect to influenza A(H3N2) and B viruses, heterogeneity of their populations and drift-variability in relation to vaccine strains were noted. The frequency of co-infection with various respiratory pathogens was low: according to "traditional surveillance" - no more than 0.1%, "hospital surveillance" no more than 9.2%. The rationale for updating the composition of influenza vaccines for the countries of the Northern Hemisphere for 2022-2023 season was given.

Full Text

ВВЕДЕНИЕ

     Более 300 патогенов, относящихся к разным семействам, родам и группам, способны вызывать острую респираторную вирусную инфекцию (ОРВИ), к которой восприимчивы без исключения все возрастные группы [1].  Их объединяют относительно схожие механизмы передачи (в основном, воздушно-капельный), тропизм к клеткам верхних отделов респираторного тракта (реже – нижних отделов) и клинические проявления заболевания.

     В рамках проводимого в нашей стране мониторинга циркуляции возбудителей ОРВИ (традиционного, дозорного и госпитального) особое внимание уделяется тем патогенам, в отношении которых разработаны коммерческие тест-системы на основе ОТ-ПЦР, среди них – грипп А и В (INFА и INFB), парагрипп (HPIV), аденовирусы (HAdV), Рс-вирус (HRSV), риновирусы (HEV-D), бокавирус (HBoV), метапневмовирус (HMPV), α-коронавируcы (HCoV) и новый коронавирус (SARS-CoV-2).

     Анализ структуры циркулирующих возбудителей ОРВИ на фоне появления в 2019г., роста активности и быстрой эволюционной изменчивости нового коронавируса SARS-CoV-2 выявил снижение долевого участии большинства респираторных патогенов, в том числе и вирусов гриппа, в эпидемическом процессе по сравнению с предыдущими сезонами, что было отмечено ранее как отечественными исследователями, так и зарубежными коллегами [2, 3, 4, 5, 6].

     Эпидемический сезон 2021-2022 гг. отличался от предыдущего 2020-2021 гг. возвратом в циркуляцию вирусов гриппа A(H3N2) и В и практически полным отсутствием активности вируса гриппа A(H1N1)pdm09 на фоне продолжающейся изменчивости нового коронавируса SARS-CoV-2, представленного в этот период вариантами Delta (осень – начало зимы 2021 г.) и Omicron (2022 г.). В связи с этим определенный интерес представляло оценить развитие эпидемии гриппа и частоту случаев ко-инфекции респираторными патогенами у пациентов с ОРВИ в сезоне 2021-2022гг.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   

    

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Сбор данных по заболеваемости и лабораторной диагностике возбудителей ОРВИ. В рамках осуществления эпидемиологического надзора за циркуляцией вирусов гриппа и ОРВИ в РФ Центр экологии и эпидемиологии гриппа (ЦЭЭГ) Института вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России в сотрудничестве с 10 опорными базами, представленными Территориальными управлениями и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора в Европейской части (гг. Новгород Великий, Липецк, Владимир, Ярославль, Пенза, Чебоксары), на Урале (г. Оренбург), Сибири (г. Томск) и Дальнем Востоке (гг. Биробиджан и Владивосток), провел анализ показателей заболеваемости, госпитализации, этиологически связанных с возбудителями ОРВИ, в различных возрастных группах населения, а также результатов лабораторной диагностики. Период наблюдения составил с 40-й недели (октябрь) 2020г. по 39-ю неделю (сентябрь) 2021 г.

Анализ заболеваемости гриппом и ОРВИ в разных возрастных группах, изоляция вирусов гриппа, постановка ОТ-ПЦР, РТГА, оценка чувствительности к противогриппозным препаратам, а также статистическая обработка полученных результатов описаны ранее [1, 2]. В рамках традиционного надзора объем исследований с помощью лабораторных методов составил:  на вирусы гриппа – 20221 образец, ОРВИ – 15480 образцов и SARS-CoV-2 – 28 497 образцов. В рамках дозорного надзора в исследование было включено и обследовано 1121 пациентов, госпитализированных в медицинские учреждения г.Москвы.

 Полногеномная амплификация вирусов гриппа А и B была проведена по ранее описанной методике [7, 8]. Библиотека кДНК была приготовлена с использованием набора SQK-LSK109 (Oxford Nanopore, Великобритания) с последующим секвенированием на приборе MinION (Oxford Nanopore, Великобритания). Биоинформационная обработка данных проведена с использованием пакетов программного обеспечения guppy вер.6.3.8, porechop вер.0.2.4, nanofilt вер.2.3.0, minimap2 вер.2.24, medaka вер.1.7.2 и bcftools вер.1.13.

 

РЕЗУЛЬТАТЫ

В период октября 2021г. (40 неделя) – сентября 2022г. (39 неделя) на сотрудничающих с ЦЭЭГ территориях превышения эпидемического порога заболеваемости ОРВИ по отношению к среднему показателю по РФ (72,6 на 10 000 населения) регистрировали в периоды 40-44 недель 2021г. (за счет активности респираторных патогенов негриппозной этиологии), 47-51 недель 2021г. (роста активности вируса гриппа А(H3N2)), 3-9 недель 2022г. (активности SARS-CoV-2) и 36-39 недель 2022г. (активности SARS-CoV-2 и некоторых ОРВИ). Максимальную заболеваемость по совокупному населению (среднее значение по данным 10 городов РФ) регистрировали на 5 нед. 2022г. (207,9 на 10 000), в период которой частота положительных проб на SARS-CoV-2 составила 43,3%, ОРВИ – 8,4% (ПЦР) и гриппа – 4,5%.

Частота положительных образцов по результатам ПЦР в анализируемый период составила: SARS-CoV-2 – 18,8% (из 28 497 обследованных), грипп – 10,6% (из 20 001 обследованных) и ОРВИ - 12,8% (из 16 480 обследованных). При этом их активность различалась в разные недели эпидемического сезона и в разных городах РФ (Таблица 1).

 

 

 

 

 

   Таблица 1

Результаты ПЦР-диагностики гриппа, SARS-CoV-2 и некоторых ОРВИ в период октября 2021г. – июня 2022г.

в ЦЭЭГ НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи и на сотрудничающих с ним территориях РФ

                                                                                                                                                                                        Table 1

Results of PCR diagnostics of influenza, SARS-CoV-2 and some ARI in the period of October 2021 - June 2022

at the N.F. Gamalei Central Research Institute and in the territories of the Russian Federation cooperating with it

 

ФБУЗ «Центры гигиены и эпидемиологии»

городов,

областей, республик

Число образцов, изученных на наличие респираторных патогенов методом  ОТ-ПЦР

 

грипп

ОРВИ, сезонные

SARS-CoV-2

 

Число образцов

 

% «+»

 

Число образцов

HPIV

% «+»

HAdV

%

«+»

HRsV

% «+»

HEV-D

%

«+»

HCoV

%

«+»

HBoV

% «+»

HMPV

%

«+»

 

Число образцов

 

%

«+»

ЦЭЭГ, Москва

3060

7,3

544

2,9

2,2

6,3

12,0

4,4

0,7

0,4

3101

27,5

Вел. Новгород

1042

11,0

531

 

 

1,1

 

 

 

 

 

 

Липецк

2842

0,5

2842

1,4

0,6

0,6

0,5

0,04

1,0

0,07

597

0,2

Владимир

678

29,0

538

5,8

3,0

4,8

4,6

1,5

2,0

 

96

3,1

Ярославль

1683

15,3

1327

3,2

1,3

3,5

12,1

2,5

0,8

0,2

2558

18,5

Пенза

785

5,2

914

0,8

2,6

2,5

3,9

3,2

1,3

1,0

740

8,2

Чебоксары

1130

5,6

1129

0,4

 

 

 

 

 

 

17 409

21,0

Оренбург

4779

12,8

4779

0,1

0,2

1,9

1,6

0,4

0,1

0,1

51

 

Томск

971

15,0

972

2,1

1,3

6,7

6,9

3,4

0,6

0,1

840

10,8

Владивосток

2239

16,7

2239

1,5

0,2

1,8

39,3

6,5

0,1

11,2

2071

6,2

Биробиджан

792

9,3

665

6,2

4,4

4,7

11,9

4,8

2,1

2,3

1034

15,2

Всего

20001

10,6

16480

1,8

0,8

2,3

3,7

1,3

0,6

0,4

28497

18,8

% из числа положительных

2 114

100

1793

16,9

7,7

21,2

34,1

11,5

5,2

3,3

5363

100

 

           Динамика частоты выявления положительных образцов на вирусы гриппа А и В, SARS-CoV-2 и ОРВИ (в том числе - HPIV, HAdV, HRsV, HEV-D, HBoV, HMPV, (HCoV) методом ОТ-ПЦР в период октября 2021г. – сентября 2022г. представлена на Рисунке 1.

Рисунок 1. Частота выявления положительных проб на грипп,

SARS-CoV-2 и ОРВИ в период эпидемического сезона 2021-2022гг.

на отдельных территориях РФ

Figure 1. Frequency of detection of positive Influenza samples, SARS-CoV-2 and ARI during the epidemic season 2021-2022 in certain territories of the Russian Federation

 

Эпидемический сезон 2021-2022гг. стартовал с относительно высоких показателей частоты положительных проб на SARS-CoV-2 (42 нед. 2021г. – 36,2%) с последующим снижением к началу 2022г.  Результаты секвенирования 10 образцов, взятых от пациентов в этот период (октябрь 2021г.), определили их принадлежность к варианту “Delta” (B.1.617.2; AY.25, AY.43, AY.122) согласно классификации Pango. Данные были заложены в ные были заложены в GenBank: EPI_ISL_13431664, EPI_ISL_13431665, EPI_ISL_13431666, EPI_ISL_13431667, EPI_ISL_13417560, EPI_ISL_6831907, EPI_ISL_6831908, EPI_ISL_7591259, EPI_ISL_6831909, EPI_ISL_7591260.

Вторая, более высокая волна его активности, была отмечена в период 5-7 недели 2022г. с максимальной частотой выявления числа положительных проб (до 50,7%).  Результаты секвенирования 30 образцов, взятых от пациентов в январе-апреле 2022г., определили их принадлежность к варианту  «Omicron» (B.1.1.529), согласно классификации Pango, появление которого было отмечено в ноябре 2021г. одновременно в нескольких странах мира с последующим широким распространением в нашей стране в январе-марте 2022г. Данные были заложены в ные были заложены в GenBank: EPI_ISL_13431668, EPI_ISL_13431669, EPI_ISL_13431670, EPI_ISL_13431671, EPI_ISL_13431672, EPI_ISL_13431673, EPI_ISL_13431674, EPI_ISL_13431675, EPI_ISL_13431676, EPI_ISL_13431677, EPI_ISL_13431678, EPI_ISL_13431679, EPI_ISL_13431680, EPI_ISL_13431681, EPI_ISL_13431682, EPI_ISL_13431683, EPI_ISL_13431684, EPI_ISL_13431685, EPI_ISL_13431686, EPI_ISL_13431687, EPI_ISL_13417561, EPI_ISL_13417562, EPI_ISL_13417563, EPI_ISL_13417564, EPI_ISL_13417565, EPI_ISL_13417566, EPI_ISL_13417567, EPI_ISL_13417568, EPI_ISL_13417569, EPI_ISL_13417570. Необходимо отметить гетерогенность популяции «Omicron», представленной в этот период вариантами BA.1/ BA.1.1/ BA.1.14/ BA.1.15/ BA.1.17.2 (последний взят в феврале 2022г.)  и BA.2 (последний образец – в апреле 2022г.).

С началом нового учебного года (сентябрь 2022г.) отмечена третья волна роста числа положительных проб на SARS-CoV-2 в отдельных городах (Москва, Чебоксары, Пенза, Томск, Биробиджан и Владивосток), а также роста активности некоторых возбудителей негриппозной этиологии.     

Одной из отличительных особенностей сезона 2021-2022гг. стала ранняя активность вирусов гриппа. Первые случаи гриппа A(H3N2) детектировали в период 40-43 нед 2021г. в гг. Москва, В.Новгород, Владимир и Ярославль, с пиковыми показателями в период 51-52 нед. 2021г. и последующим ее снижением до спорадических случаев в середине февраля 2022г., последние из которых (грипп В) были детектированы в период 23-24 недель 2022г. в гг. Владимире, Липецке и Оренбурге. Интересным является факт поочередной активности вирусов гриппа: в начале сезона регистрировали абсолютное доминирование вируса гриппа A(H3N2) с долевым участие в структуре ОРВИ до 37,9% (52 нед 2021г.), на смену которому в феврале-марте 2022г. пришел вирус гриппа В, при этом его активность была спорадической (менее 3,7%).

     Результаты антигенной характеристики 186 штаммов определили родство 159 из них к  вирусу гриппа A(H3N2) и 27 – к вирусу гриппа В, при этом большинство популяции не соответствовало свойствам вирусов, рекомендованных в состав гриппозных вакцин для стран Северного полушария в сезоне 2021-2022гг. (Таблица 2). 

 

Таблица 2.

Антигенные свойства эпидемических штаммов вирусов гриппа А и В, выделенных в эпидемическом сезоне 2021-2022гг.

Table 2.

Antigenic properties of epidemic strains of influenza A and B viruses isolated in the epidemic season of 2021-2022

Тип/подтип вируса гриппа

Штаммы вирусов гриппа, вошедшие в состав гриппозных вакцин в сезоне 2021-2022гг.

(отношение к гомологичному титру)

Число штаммов, изученных с референс-сывороткой

Число штаммов, близкородственных эталонной сыворотке (%)

Общее число изученных штаммов

А(H1N1)pdm09

А/Виктория/2570/19

0

0

0

 

 

А(H3N2)

А/Камбоджа/e0826360/2020             (1-1/2: 1/4), вакцинный

 

 

131

28 (21,0%):

39 (30,0%)

 

 

159

А/Камбоджа/e0826360/2020 (<1/4)

64 / 131 (49,0%)

А/Дарвин/9/2021 (1-1/2: 1/4)

 

95

62 / 95 (65,0%)

27 / 95 (28,0%)

А/Дарвин/9/2021 (<1/4)

6 / 95 (7,0%)

 

 

В

В/Вашингтон/02/19(D3),          вакцинный (1-1/2)

27

1 / 27

 

27

Дрейф-вариант (В/Австрия/1359417/21)

26 / 27

Линия В/Ямагата-подобных

B/Пхукет/3073/13

0

0

0

 

     Штаммы A(H3N2) были выделены в октябре 2021г. - январе 2022г. в гг. Москва, Великий Новгород, Владимир, Чебоксары, Ярославль, Углич, Владивосток, Оренбург, Биробиджан. Только 28 (21%) штаммов вируса гриппа A(H3N2) из 131 изученного взаимодействовали с сывороткой к вакцинному вирусу А/Камбоджа/е0826360/20 от 1/2 до полного гомологичного титра; 39 (30%) изолятов взаимодействовали до 1/4 гомологичного титра и 64 (49%) - до 1/8 и ниже гомологичного титра. В тоже время, 95 изолятов были изучены также с сывороткой к новому эталону, вакцинному штамму, рекомендованному в сезоне 2022-2023гг. - А/Дарвин/9/2021 (H3N2); результаты показали, что 65% взаимодействовали с сывороткой к этому вирусу от 1/2 до полного гомологичного титра; 28% изолятов взаимодействовали до 1/4 гомологичного титра и 7% –  до 1/8 и ниже гомологичного титра.  26 штаммов вируса гриппа типа В, выделенные в декабре 2021г. – мае 2022 г. (ЦЭЭГ, Москва, Липецк), были родственны эталону В/Австрия/1359417/21 (линия В/Виктория-подобных) и взаимодействовали с сывороткой к этому вирусу до полного гомологичного титра; 1 штамм вируса гриппа В, выделенный в марте 2022г., был родственен эталону В/Вашингтон/02/2019 (вакцинный, линия В/Виктория-подобных) и взаимодействовал с сывороткой к этому вирусу до полного гомологичного титра.      

Эпидемические штаммы вируса гриппа A(H3N2), в отношении которых было проведено частичное или полногеномное секвенирование (71), были выделены в г. Москве (26), Ярославле (11), Владимире (6), Оренбурге (4), Владивостоке (15), В.Новгороде (7), Чебоксарах (1) и Биробиджане (11). Все из них были отнесены к клайду 3С.2a1b.2a.2, представленному А/Дарвин/9/2021 (антигенный вариант с дополнительными мутациями T131K-A+D186N, D255G по сравнению с вакцинным вирусом А/Камбоджа/е0826360/2020).  Семь штаммов вируса гриппа В, выделенные из материалов госпитализированных пациентов в медицинские учреждения г.Москвы, были отнесены к генетической линии В/Виктория-подобных, клайду V1A.3.2, представленному В/Австрия/1359417/2021 (антигенный вариант с дополнительными мутациями P42Q, V71A, K343E, A395V, V401R по сравнению с вакцинным вирусом В/Вашингтон/02/2019).

Изучена чувствительность 100 эпидемических штаммов вирусов гриппа, в том числе, 90 штаммов A(H3N2) и 10 штаммов вируса гриппа В к препаратам с антинейраминидазной активностью. Штаммы были выделены в разных регионах РФ и у всех из них обнаружена нормальная чувствительность к озельтамивиру и занамивиру. Для штаммов вируса гриппа A(H3N2) среднее значение IC50 к осельтамивиру составило - 0,45 nM, к занамивиру  - 1,0 nM; для штаммов вируса гриппа В – 38,19 nM и 4,00 nM, соответственно.

Прослежена динамика в отношении других ОРВИ: на фоне сменяющих друг друга вирусов SARS-CoV-2 и гриппа активность других респираторных вирусов была относительно низкой; в тоже время, при снижении активности вирусов гриппа и SARS-CoV-2, отмечен некоторый рост регистрируемых случаев других ОРВИ (до 22,8%),  их доминирование с 12 по 32 недели и 38-39 недель 2022г. Частота выявления положительных проб из числа тестированных методом ПЦР составила: HPIV – 1,8%, HAdV – 0,8%, HRsV – 2,3%, HEV-D – 3,7%, HBoV – 0,6%, HMPV – 0,4%, HCoV – 1,3%.

     Частоту ко-инфекции разными возбудителями ОРВИ оценивали по данным, полученным в результате проведения традиционного и госпитального надзора.

     Данные традиционного надзора выявили крайне низкое число ко-инфекции разными возбудителями ОРВИ (численность обследованных проб указана в Таблице 1): на фоне гриппозной инфекции – 2 случая из 2114 положительных (0,01%; HEV-D и HCov), на фоне SARS-CoV-2 инфекции – 2 случая из 5363 положительных (менее 0,1%; HRsV, HAdV), грипп А(H3N2) и SARS-CoV-2 – 1 случай, на фоне  ОРВИ – 9 случаев из 1793 положительных (0,5%).

     Частота ко-инфекции в рамках проведенного госпитального надзора среди 1121 пациентов была значительно выше и составила: 13 случаев ОРВИ на фоне 218 случаев гриппа (6,0%), грипп и SARS-CoV-2 – 3 случая из 218 положительных на грипп (1,4%); 49 случаев ОРВИ на фоне 489 случаев SARS-CoV-2 инфекции (9,2%).  Структура возбудителей ОРВИ при ко-инфекции представлена на Рисунке 2.   

Рисунок 2. Частота ко-инфекции респираторными патогенами на фоне гриппа и SARS-CoV-2 у госпитализированных пациентов в эпидемическом сезоне 2021-2022гг.

Figure 2. The frequency of co-infection with respiratory pathogens against the background of influenza and SARS-CoV-2 in hospitalized patients in the epidemic season 2021-2022

 

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

Эпидемический сезон 2021-2022гг. имел свои особенности: на фоне продолжавшейся циркуляции нового коронавируса SARS-CoV-2 вновь регистрировали активность вирусов гриппа. Причем, в отличие от России, в большинстве странах мира начало сезона было связано с вирусом гриппа В, а с декабря 2021г. -  вирусом гриппа A(H3N2), который в последующий период стал доминирующим. Кроме того, крайне высокая активность «Omicron», нового варианта SARS-CoV-2, в начале 2022г. повлияла на «традиционные сроки» (январь-февраль) развития эпидемии гриппа в некоторых странах Северного полушария, которые были сдвинуты на март-апрель 2022г. [9].  Четко прослежена зависимость по долевому участию разных респираторных патогенов в период эпидемического сезона 2021-2022гг.:  доминирующая роль принадлежала SARS-CoV-2 (18,8%), затем – вирусам гриппа (10,6%) и, наконец, возбудителям других ОРВИ (12,8%).

Как и в других странах, популяция SARS-CoV-2 была гетерогенной и в период эпидемического сезона была представлена линиями «Delta» и «Omicron» по классификации Pango. Прослежено появление новых вариантов последнего из указанных выше, свидетельствующих о его продолжающейся эволюционной изменчивости (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 и BA.5) и новых панголиний, имеющих происхождение от BA.2 (BA.2.121 – США, декабрь 2021г.; BA.2.9.1 - несколько стран, февраль 2022г.; BA.2.11 - несколько стран, март 2022г.;  BA.2.13 - несколько стран, февраль 2022г.; BA.2.75 - Индия, май 2022г.).

Данные по антигенным и молекулярно-генетическим свойствам, определяющим соответствие эпидемических штаммов свойствам вакцинных вирусов гриппа, полученные в рамках настоящего исследования и другими исследователями, выявили различия и несоответствия между ними, что стало причиной замены двух вакцинных вирусов в составе вакцин на 2022-2023гг. для стран Северного полушария на более актуальные – A(H3N2) – А/Камбоджа/е826360/2020 на A/Дарвин/9/2021 и В/Вашингтон/02/2019 на B/Австрия/1359417/2021 (линия В/Виктория-подобных) [10]. 

Структура и долевое участие других возбудителей ОРВИ по сравнению с предыдущим сезоном несколько изменились: выявлена тенденция к росту активности HPIV, HRsV, HBoV и HMPV; практически равнозначная активность HEV-D и HCoV и снижение активности HAdV [2, 3, 4, 5, 6].        

На сегодняшний день до конца не изучен ряд вопросов в отношении ко-инфекции разными возбудителями ОРВИ. В частности, несмотря на наличие в практическом применении мультиплексных ПЦР-систем, их использование может быть ограничено по ряду причин, среди которых экономические, технические и человеческие ресурсы. Нет единого мнения и о связи ко-инфекции с тяжестью заболевания [11, 12].

Результаты настоящего исследования показали, что в рамках проводимого традиционного надзора, частота ко-инфекции была низкой. Это может быть связано, в первую очередь, с объемами проводимых исследований, но вероятнее всего - с учетом в рамках этого надзора менее тяжелых форм инфекции. Более высокие показатели были получены при анализе частоты ко-инфекции в рамках госпитального надзора (данные по г. Москве), при этом наиболее часто ее выявляли у пациентов с SARS-CoV-2 (9,2%). Среди «лидеров» ко-инфекции - HEV-D, HRsV, HPIV и HCoV.

Более ранние работы болгарских исследователей в период до 2020г. сообщали о частоте ко-инфекции респираторными вирусными патогенами на уровне 10,2% [13]. Этой тематике посвящены и исследования многих авторов в период развития пандемии COVID-19, которые считают эту проблему неоднозначной по ряду характеристик: чувствительности применяемых тестов в разных странах мира, наблюдаемым контингентам (дети, взрослые, пожилые), климатическим особенностям, времени и критериям забора исследуемых образцов, а также их качества. В исследовании, проведенном американскими учеными в Калифорнии в марте 2020г., т.е. в начале развития пандемии COVID-19, частота ко-инфекции респираторными патогенами составила 20,7% среди инфицированных SARS-CoV-2 (среди неинфицированных – 26,8%), причем «лидерами» выступили HEV-D (12,1%), HMpV (4,3%),  HCoV (3,5%), HRsV (2,9%) и грипп А (2,6%) [14]. При этом авторы предполагают, что отрицательный результат лабораторного подтверждения SARS-CoV-2 у пациентов с/или только другими вирусными патогенами, не может абсолютно свидетельствовать об его отсутствии. Ряд авторов высказывают мнение в качестве гипотезы относительно низкой частоты ко-инфекции, в частности, «конкуренции» SARS-CoV-2 с другими вирусными патогенами [15]. В рамках проводимого «дозорного надзора» в США в 2020г. было выявлено 1,7% случаев ко-инфекции среди 1373 инфицированных SARS-CoV-2 [16].  Мета-анализ 140 работ, проведенных в период с 1 декабря 2019г. до 31 марта 2021 г., выявил  среднюю частоту ко-инфекции, которая составила 6,6% (95% CI: 5,5-7,6)  [17]. 

Необходимо также обратить внимание, что результаты настоящей работы подтверждают данные других исследователей по выявлению низкой частоты ко-инфекции вирусами гриппа  и SARS-CoV-2 (0,6%-1,4%).  Мета-анализ 11 исследований, проведенных в первую волну пандемии, выявил только 0,8% случаев ко-инфекции гриппа и SARS-CoV-2 [18]. В исследования индийских ученых, проведенных в период 4 июля 2021г. - 31 января 2022г., по результатам тестирования 13467 образцов, было выявлено только 2 образца положительных на грипп и SARS-CoV-2 [19]. Необходимо добавить, что в этот период практически во всем мире регистрировали крайне низкую активность вирусов гриппа. Ряд исследователей в объяснении этих особенностей предполагают, что одной из причин может быть более высокая патогенность SARS-CoV-2, выражаемая более тяжелыми воспалительными процессами респираторного тракта, чем при гриппозной инфекции [20].

В заключении необходимо отметить, что на сегодняшний день важное значение приобретает ранняя диагностика гриппозной инфекции, так как в отношении этого возбудителя существуют эффективные препараты с прямым механизмом действия для профилактики и лечения. Своевременное применение противогриппозных препаратов, безусловно, снизит риски тяжелого течения, развития осложнений и летального исхода, в том числе, и при ко-инфекции с SARS-CoV-2 и другими вирусными патогенами [21].

×

About the authors

Elena I. Burtseva

D.I. Ivanovsky Institute of Virology
FSBI 'NF Gamaleya NRCEM' MoH of RF

Author for correspondence.
Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2518-6801

ScD, Head of influenza etiology and epidemiology laboratory of  D.I. Ivanovsky Institute of Virology FSBI «National Research Center of Epidemiology and Microbiology named after honorary academician  N.F. Gamaleya» Ministry of Health

Russian Federation, 123098, Moscow, Gamaleya str., 18

Anna D. Panova

Email: ainushgnomello@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9322-6273
Russian Federation

Ludmila V. Kolobukhina

Email: lkolobuchina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343

Anna V. Ignatjeva

Email: valgella@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6206-2299

Elena S. Kirillova

Email: esshevchenko@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7977-7530

Natalia V. Breslav

D.I. Ivanovsky Institute of Virology
FSBI 'NF Gamaleya NRCEM' MoH of RF

Email: n.belyakova1983@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6946-5119

Ph.D., Senior Researcher
Influenza Etiology and Epidemiology Lab.

Russian Federation, 123098, Moscow, Gamaleya str., 18

Svetlana V. Trushakova

Email: s.trushakova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9610-3041

Evgeniya A. Mukasheva

Email: mukasheva_evgeniya@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5688-5309

Elena L. Feodoritova

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1472-1357

Kirill G. Krasnoslobodtsev

Email: kkg_87@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1745-9128

Liliya N. Merkulova

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7260-0879

Irina N. Khlopova

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7419-590X

Lidiya B. Kisteneva

Email: lborisovna2007@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7336-409X

Irina S. Kruzhkova

Email: lkolobuchina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1983-481X

Yuliya S. Levochkina

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7750-2311

Anastasia S. Krepkaia

Email: nastya18-96@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7272-4011

Aleksandra G. Rosatkevich

Email: rosatkevich@icloud.com
ORCID iD: 0000-0003-0008-8711

Andrey B. Komissarov

Email: a.b.komissarov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-1733-1255

Svetlana B. Yatsishina

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-4737-941X

Andrey A. Pochtovyi

Email: a.pochtovyy@gamaleya.org
ORCID iD: 0000-0003-1107-9351

Daria D. Kustova

Email: kustovad70@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-8382-275X

Vladimir V. Gushchin

Email: wowaniada@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-9397-3762

Marina V. Bazarova

Email: 03bmv@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-7322-7896

Svetlana V. Smetanina

Email: 03bmv@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3763-697X

Natalia A. Tsvetkova

Email: CvetkovaNA@ikb2.ru
ORCID iD: 0000-0003-3323-3401

References

  1. References.
  2. Lvov D.K., Burtseva E.I., Kolobukhina L.V. et al. Peculiarities of the influenza and ARVI viruses circulation during epidemic season 2019–2020 in some regions of Russia// Voprosy virusologii. 2020; 65(6): 335-349.
  3. Burtseva E.I., Kolobukhina L.V., Voronina O.L. et al. Features of the circulation of ARVI pathogens during of emergence and widespread of SARS-CoV-2 in the 2018–2021. / Epidemiology and Vaccineprophylaxis. 2022; 21(4):16-26.
  4. Sominina A.A., Danilenko D.M., Stolyarov K.A., Karpova L.S., Bakaev M.I., Levanyuk T.P., Burtseva E.I., Lioznov D.A. Interference of SARS-CoV-2 with other Respiratory Viral Infections agents during Pandemic. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2021;20(4):28-39. (In Russ.)
  5. Yatsishina S.B., Mamoshina M.V., Elkina M.A. et al. Prevalence of ARVI, influenza and COVID-19 pathogens in individuals without symptoms of respiratory infections // Voprosy virusologii. 2020; 65:267-76.
  6. Xu-bin Huang, Lei Yuan, Cong-xiu Ye, et al. Epidemiological characteristics of respiratory viruses in patients with acute respiratory infections during 2009-2018 in Southern China // International Journal of Infectious Diseases. 2020; 98:21-32.
  7. Sanz I., Perez D., Dominguez-Gill M., Lejarazude R.O., Eiros J.M. Coinfection of Influenza and other respiratory viruses are associated to children // Anales de Pediatria; 2021. English edition.
  8. Bin Zhou, et all. Universal Influenza B Virus Genomic Amplification Facilitates, Sequencing, Diagnostics, and Reverse Genetics, // Journal of Clinical Microbiology p. 1330–1337 May 2014 Volume 52 Number 5, doi: 10.1128/JCM.03265-13
  9. Bin Zhou, et all. Single-Reaction Genomic Amplification Accelerates Sequencing and Vaccine Production for Classical and Swine Origin Human Influenza A Viruses. // JOURNAL OF VIROLOGY, Oct. 2009, p. 10309–10313 Vol. 83, No. 19, doi: 10.1128/JVI.01109-09. 9. The development of the influenza epidemic in the European region in 2021-2022. Available on: https://www.who.int/teams/global-influenza-programme/surveillance-and-monitoring/influenza-surveillance-outputs.
  10. Recommendations on the composition of influenza vaccines for the countries of the Northern Hemisphere for the 2022-2023 season. Available on: https://www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2022-23_north/en/.
  11. Martinez-Roig A., Salvado M., Caballero-Rabasco M.A., Sanchez-Buenavida A., Lopez-Segura N., Banet-Alcaina M. Viral coinfection in in childhood respiratory tract infection // Arch.Bronconeumol.2015;51:5-9.
  12. Meligy B., Sayed A., Ismail D.K., Kamal D., Abdel-Latif W., Erfam D.M. Detection of viral acutelow respiratory tract infection in hospitalized infants using real-time PCR // Egypt Pediatr.Assoc.Gaz. 2016;64:13-19.
  13. Korsun N.S., Angelova S.G., Trifonova I.T., Voleva S.E., Grogorova I.G., Tzotcheva I.S. et al. The prevalence and genetic characterization of human metapneumovirus in Bulgaria, 2016-2019 // Intervirology. (2021) 64:194-202.
  14. Kim D., Quinn J., Pinsky B., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens // JAMA. (2020) 323:2085–6. 10.1001/jama.2020.6266.
  15. Nowak M.D., Sordillo E.M., Gitman M.R., PanizMondolfi A.E. Coinfection in SARS-CoV-2 infected patients: where are influenza virus and rhinovirus/enterovirus? // J. Med. Virol. (2020) 92:1699–700. 10.1002/jmv.25953.
  16. Cooksey G.L.S., Morales C., Linde L., Schildhauer S., Guevara H., Chan E., et al.. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and respiratory virus sentinel surveillance, California, USA, May 10, 2020-June 12, 2021 // Emerg. Infect. Dis. (2022) 28:9–19. 10.3201/eid2801.211682.
  17. Alhumaid S., Al Mutair A., Al Alawi Z., Alshawi A.M., Alomran S.A., Almuhanna M.S., et al.. Coinfections with bacteria, fungi, and respiratory viruses in patients with SARS-CoV-2: a systematic review and meta-analysis // Pathogens. (2021) 10:809. 10.3390/pathogens10070809.
  18. Dadashi M., Khaleghnejad S., Elkhichi P.A., Goudarzi M., Goudarzi H., Taghavi A., et al.. COVID-19 and influenza co-infection: a systematic review and meta-analysis // Front Med. (Lausanne). (2021) 8:681469. 10.3389/fmed.2021.681469.
  19. Aggarwal N., Potdar V., Vijay N., Mukhopadhyay L., Manjusree B.B.S., Choudhary M.L., et al. SARS-CoV-2 and influenza virus co-infection cases identified through ILI/SARI sentinel surveillance: a pan-India report // Viruses. (2022) 14:627. 10.3390/v14030627.
  20. Kinoshita T., Watanabe K., Sakurai Y., Nishi K., Yoshikawa R., Yasuda J. Co-infection of SARS-CoV-2 and influenza virus causes more severe and prolonged pneumonia in hamsters // Sci.. Rep. (2021) 11:21259. 10.1038/s41598-021-00809-2.
  21. Zhang A.J., Lee A.C., Chan J.F., Liu F., Li C., Chen Y., et al.. Coinfection by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and influenza A(H1N1)pdm09 virus enhances the severity of pneumonia in golden syrian hamsters // Clin. Infect. Dis. (2021) 72:978–e92. 10.1093/cid/ciaa1747.

Supplementary files

There are no supplementary files to display.


Copyright (c) Eco-vector



СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: 014448 от 08.02.1996
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: серия ЭЛ № ФС 77 - 80652 от 15.03.2021
.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies