Сетевое издание "Эпидемиология и инфекционные болезни" основано в 2021 году как сетевая версия и преемник одноименного печатного периодического журнала, основанного в 1996 году  ОАО "Издательство "Медицина".

Печатный журнал "Эпидемиология и инфекционные болезни" (ISSN 1560-9529 Print, ISSN 2411-3026 Online) издавался с 1996 года в издательстве "Медицина", с 2020 года — в издательстве "Эко-Вектор". С 2021 года в печатном журнале публиковали статьи из сетевого издания "Эпидемиология и инфекционные болезни".

С 2024 года сетевое издание "Эпидемиология и инфекционные болезни" получило новый комплект ISSN (ISSN 3034-2007 Print, ISSN 3034-2015 Online), с осени 2024 года выходит как самостоятельное издание под управлением прежней команды главного редактора и коллектива редакционной коллегии.