Полиморфизм гена NIPAL1 rs135173498 как маркер эмбриональной летальности у аулиекольского скота

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Установлено, что у крупного рогатого скота аулиекольской породы SNP G/А rs135173498, ассоциированный с живой массой при рождении (p-value = 2,71E-06), характеризуется отсутствием живорожденных телят, гомозиготных по редкому генотипу при значительном объеме выборки в 497 животных. При этом телята с гетерозиготным генотипом не характеризовались снижением живой массы при рождении относительно значений этого показателя по выборке в целом. Проанализированы возможные механизмы развития фенотипического эффекта SNP rs135173498 гена NIPAL1 как фактора эмбриональной летальности у аулиекольского крупного рогатого скота и, предположительно, у пород казахской белоголовой, абердин-ангусской и шароле.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. В. Белая

Белорусский государственный педагогический университет им. Максима Танка

Автор, ответственный за переписку.
Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Белоруссия, Минск

Е. А. Климанова

Новосибирский государственный аграрный университет

Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Россия, Новосибирск

В. М. Норкина

Новосибирский государственный аграрный университет

Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Россия, Новосибирск

И. С. Бейшова

Западно-Казахстанский аграрный технический университет им. Жангир хана

Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Казахстан, Уральск

Список литературы

  1. Шайдуллин Р.Р., Фаизов Т.Х., Ганиев А.С. Характер распространения летальных генов у молочного скота // Уч. записки КГАВМ им. Н. Э. Баумана. 2015. № 2. C. 242–244. https://doi.org/cyberleninka.ru/article/n/harakter-rasprostraneniya-letalnyh-genov-u-molochnogo-skota
  2. Charlier C., Coppieters W., Rollin F. et al. Highly effective snp-based association mapping and management of recessive defects in livestock // Nat. Genet. 2008. V. 40. P. 449–454. https://doi.org/10.1038/ng.96
  3. Van Raden P.M., Olson K.M., Null D.J. et al. Harmful recessive effects on fertility detected by absence of homozygous haplotypes // J. Dairy Sci. 2011. № 94. P. 6153–6161. https://doi.org/10.3168/jds.2011-4624
  4. Fritz S., Capitan A., Djari A. et al. Detection of haplotypes associated with prenatal death in dairy cattle and identification of deleterious mutations in gart, shbg and slc37a2 // PLoS One. 2013. V. 8. № 6. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0065550
  5. Cooper T.A., Wiggans G.R., Van Raden P.M. et al. Genomic evaluation of ayrshire dairy cattle and new haplotypes affecting fertility and stillbirth in holstein, brown swiss and ayrshire breeds // http://aipl.arsusda.gov
  6. Sonstegard T.S., Cole J.B., Van Raden P.M. et al. Identification of a nonsense mutation in cwc15 associated with decreased reproductive efficiency in jersey cattle // PLoS One. 2013. V. 8. № 1. P. 1–6. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054872
  7. McClure M., Kim E., Bickhart D. et al. Fine mapping for weaver syndrome in brown swiss cattle and the identification of 41 concordant mutations across nrcam, pnpla8 and cttnbp2 // PLoS One. 2013. V. 8. № 3. P. 1–16. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0059251
  8. Kadri N.K., Sahana G., Charlier C. et al. A 660-Kb deletion with antagonistic effects on fertility and milk production segregates at high frequency in nordic red cattle: Additional evidence for the common occurrence of balancing selection in livestock // PLoS Genet. 2014. V. 10. № 1. P. 1–11. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004049
  9. Häfliger I.M., Spengeler M., Seefried F.R. et al. Four novel candidate causal variants for deficient homozygous haplotypes in holstein cattle // Sci. Rep. 2022. № 12. P. 1–13. https://doi.org/10.1038/s41598-022-09403-6
  10. Cooper T.A., Wiggans G.R., Null D.J. et al. Genomic evaluation, breed identification, and discovery of a haplotype affecting fertility for ayrshire dairy cattle // J. Dairy Sci. 2014. V. 97. № 6. P. 3878–3882. https://doi.org/10.3168/jds.2013-7427
  11. Гладырь Е.А., Терновская О.А., Костюнина О.В. Скрининг гаплотипа фертильности АН1 айрширской породы крупного рогатого скота Центрального и Северо-Западного регионов России // АгроЗооТехника. 2018. Т. 1. № 4. С. 1–13. https://doi.org/10.15838/alt.2018.1.4.1
  12. Зиновьева Н.А. Гаплотипы фертильности голштинского скота // С.-х. биология. 2016. Т. 51. № 4. C. 423–435. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2016.4.423rus
  13. Белая Е.В., Наметов А.М., Шамшидин А.С. Полногеномный поиск ассоциаций c QTL мясной продуктивности у скота казахской белоголовой и аулиекольской пород // Главный зоотехник. 2022. № 7. С. 3–11. https://doi.org/10.33920/sel-03-2207-01
  14. Белая Е.В. Биологические функции породоспецифичных SNP-маркеров мясной продуктивности у крупного рогатого скота казахской белоголовой и аулиекольской пород // Генетика и разведение животных. 2022. № 2. С. 33–39. https://doi.org/10.31043/2410-2733-2022-2-33-39
  15. Белая Е.В., Бейшова И.С., Селионова М.И. и др. Полногеномный поиск QLT-ассоциированных SNP для прогнозирования наследственного потенциала продуктивности у казахского белоголового скота // Вестник АПК Ставрополья. 2022. № 3(47). С. 18–25. https://doi.org/10.31279/2222-9345-2022-11-47-18-25
  16. Purcell S.M., Neale B., Todd-Brown K. et al. PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses // Am. J. Hum. Genet. 2007. V. 81. P. 559–575. https://doi.org/10.1086/519795
  17. Manialawy Y., Khan S.R., Bhattacharjee A. et al. The magnesium transporter nipal1 is a pancreatic islet-expressed protein that conditionally impacts insulin secretion // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. P. 9879–9892. https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.013277
  18. Dadousis C., Somavilla A., Ilska J.J. et al. A genome-wide association analysis for body weight at 35 days measured on 137,343 broiler chickens // Genet. Sel. Evol. 2021. V. 53(1). P. 1–14. https://doi.org/10.1186/s12711-021-00663-w
  19. Wei W., Gao W., Li Q. et al. Comprehensive characterization of posttranscriptional impairment-related 3′-utr mutations in 2413 whole genomes of cancer patients // NPJ Genom. Med. 2022. V. 7. P. 1–12. https://doi.org/10.1038/s41525-022-00305-0
  20. Mayr C. What are 3’ utrs doing? // Cold. Spring. Harb. Perspect Biol. 2019. № 10. P. 1–15. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a034728
  21. Duff M.O., Olson S., Wei X. et al. Genome-wide identification of zero nucleotide recursive splicing in drosophila // Nature. 2015. №. 521(7552). P. 376–379. https://doi.org/10.1038/nature14475
  22. Beishova I., Dossybayev K., Shamshidin A. et al. Distribution of homozygosity regions in the genome of Кazakh cattle breeds // Diversity. 2022. V. 14(4). P. 1–11. https://doi.org/10.3390/d14040279

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Графики квантиль-квантиль (QQ plot). По оси Y – наблюдаемые значения р (преобразованные с помощью обратного десятичного логарифма р, [15]).

Скачать (92KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Внутриклеточная локализация NIPAL1 (GeneCards). Шкала достоверности имеет цветовую кодировку: от светло-зеленого (1) для низкой достоверности до темно-зеленого (5) для высокой достоверности; белый цвет (0) указывает на отсутствие признаков локализации.

Скачать (317KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Белок–белковые взаимодействия белкового продукта гена NIPAL1, построенные с помощью string-db.org (у крупного рогатого скота).

Скачать (174KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Уровень экспрессии NIPAL1 в 20 различных тканях человека (цит. по [20]).

Скачать (146KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025